Докато плодовият вирус на доматите Brown Rugose заразява растенията домати и пипер по целия свят, компаниите за семена работят върху отглеждането на устойчив домат.
Богати генетични и геномни ресурси са били на разположение на селекционерите на домати още преди началото на проектите за геномно секвениране на доматите. На няколко места отдавна са създадени големи колекции от зародишни плазми от домати. Повече от 75,000 XNUMX присъединяване на домати се запазват в генните банки по целия свят. Една от най-големите е генната банка на USDA в Женева, Ню Йорк.
Последователността на генома на доматите е инициирана през 2005 г. като мултинационални усилия между 14 държави и завършена през 2012 г. Тези усилия са значително ускорени с прилагането на изкуствен интелект, машинно обучение и усъвършенствани алгоритми за анализ на големи количества генетични и фенотипни данни.
Доматен пан-геном
Изследователи от института Бойс Томпсън през 2020 г. създадоха висококачествен референтен геном за диви домати, за да произведат по-пълен и полезен доматен пан-геном. Те открили участъци от генома, които са в основата на плодовия вкус, размера и узряването, толерантността към стрес и устойчивостта на болести. Благодарение отчасти на авангардни технологии за секвениране, които могат да четат много дълги парчета ДНК, референтният геном е по-пълен и точен от съществуващата база данни.
По-старите технологии за секвениране, които четат по-къси парчета ДНК, идентифицират мутации на еднобазово ниво. Те обаче не са добри в намирането на структурни варианти като вмъкване, делеции, инверсии или дублиране на големи парчета ДНК.
През 2019 г. международна група изследователи конструира пан-геном на домати, използвайки геномни последователности от 725 филогенетично и географски представителни сортове. Тази база данни включва 4,873 гена, които не са намерени в оригиналния референтен геном. Настоящи / отсъстващи вариационни анализи разкриват значителна загуба на ген и интензивен отрицателен подбор на гени и промотори по време на опитомяването и подобряването на доматите.
Прочетете цялата статия на www.seedworld.com.